Computational Regulatory Genomics

Publications (2011)

A stele-enriched gene regulatory network in the Arabidopsis root

S. Brady,  L. Zhang,  M. Megraw,  N. Martinez,  E. Jiang,  C. Yi,  W. Liu,  A. Zeng,  M. Taylor-Teeples,  D. Kim,  S. Ahnert,  Uwe Ohler,  D. Ware,  A. Walhout,  P. Benfey 
Mol. Syst. Biol. 2011;   PubMed Central   DOI   PubMed  

Transcription initiation patterns indicate divergent strategies for gene regulation at the chromatin level

E. Rach,  D. Winter,  A. Benjamin,  D. Corcoran,  T. Ni,  J. Zhu,  Uwe Ohler 
PLoS Genet. 2011;   PubMed Central   DOI   PubMed  

Assessing the utility of thermodynamic features for microRNA target prediction under relaxed seed and no conservation requirements

P. Lekprasert,  M. Mayhew,  Uwe Ohler 
PLoS ONE 2011;   PubMed Central   DOI   PubMed  

Integrative regulatory mapping indicates that the RNA-binding protein HuR couples pre-mRNA processing and mRNA stability

Neelanjan Mukherjee,  D. Corcoran,  J. Nusbaum,  D. Reid,  S. Georgiev,  M. Hafner,  M. Ascano,  T. Tuschl,  Uwe Ohler,  J. Keene 
Mol. Cell 2011;   PubMed Central   DOI   PubMed  

Automatic annotation of spatial expression patterns via sparse Bayesian factor models

I. Pruteanu-Malinici,  D. Mace,  Uwe Ohler 
PLoS Comput. Biol. 2011;   PubMed Central   DOI   PubMed  

PARalyzer: definition of RNA binding sites from PAR-CLIP short-read sequence data

D. Corcoran,  S. Georgiev,  Neelanjan Mukherjee,  E. Gottwein,  R. Skalsky,  J. Keene,  Uwe Ohler 
Genome Biol. 2011;   PubMed Central   DOI   PubMed  

Viral microRNA targetome of KSHV-infected primary effusion lymphoma cell lines

E. Gottwein,  D. Corcoran,  Neelanjan Mukherjee,  R. Skalsky,  M. Hafner,  J. Nusbaum,  P. Shamulailatpam,  C. Love,  S. Dave,  T. Tuschl,  Uwe Ohler,  B. Cullen 
Cell Host Microbe 2011;   PubMed Central   DOI   PubMed  
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