Computational Regulatory Genomics

Publications

Quantification of translation uncovers the functions of the alternative transcriptome

Lorenzo Calviello Antje Hirsekorn Uwe Ohler 
Nat Struct Mol Biol 2020;   DOI   PubMed  

The Translational Landscape of the Human Heart

van Heesch, S.,  Witte, F.,  Schneider-Lunitz, V.,  Schulz, J.F.,  Adami, E.,  Faber, A.B.,  Kirchner, M.,  Maatz, H.,  Blachut, S.,  S, mann, C.L.,  K, a, M.,  Worth, C.L.,  Schafer, S.,  Lorenzo Calviello,  Merriott, R.,  Patone, G.,  Hummel, O.,  Wyler, E.,  Obermayer, B.,  Mucke, M.B.,  Lindberg, E.L.,  Trnka, F.,  Memczak, S.,  Schilling, M.,  Felkin, L.E.,  Barton, P.J.R.,  Quaife, N.M.,  Vanezis, K.,  Diecke, S.,  Mukai, M.,  Mah, N.,  Oh, S.J.,  Kurtz, A.,  Schramm, C.,  Schwinge, D.,  Sebode, M.,  Harakalova, M.,  Asselbergs, F.W.,  Vink, A.,  deWeger, R.A. 
Cell 2019;   DOI  

Integrative classification of human coding and noncoding genes through RNA metabolism profiles

Neelanjan Mukherjee Lorenzo Calviello Antje Hirsekorn,  de Pretis, S.,  Pelizzola, M.,  Uwe Ohler 
Nat. Struct. Mol. Biol. 2017;   DOI   PubMed  

Beyond Read-Counts: Ribo-seq Data Analysis to Understand the Functions of the Transcriptome

Lorenzo Calviello Uwe Ohler 
Trends Genet. 2017;   DOI  

RNA localization is a key determinant of neurite-enriched proteome

Zappulo, A.,  van den Bruck, D.,  Ciolli Mattioli, C.,  Franke, V.,  Imami, K.,  McShane, E.,  Moreno-Estelles, M.,  Lorenzo Calviello,  Filipchyk, A.,  Peguero-Sanchez, E.,  Muller, T.,  Woehler, A.,  Birchmeier, C.,  Merino, E.,  Rajewsky, N.,  Uwe Ohler,  Mazzoni, E. O.,  Selbach, M.,  Akalin, A.,  Chekulaeva, M. 
Nat Commun 2017;   DOI  

Detecting actively translated open reading frames in ribosome profiling data

Lorenzo Calviello Neelanjan Mukherjee,  Wyler, Emanuel,  Zauber, Henrik,  Antje Hirsekorn,  Selbach, Matthias,  Landthaler, Markus,  Obermayer, Benedikt,  Uwe Ohler 
Nature Methods 2016;   DOI   PubMed  

Super-resolution ribosome profiling reveals unannotated translation events in Arabidopsis

Hsu, Polly Yingshan,  Lorenzo Calviello,  Wu, Hsin-Yen Larry,  Li, Fay-Wei,  Rothfels, Carl J.,  Uwe Ohler,  Benfey, Philip N. 
DOI   PNAS  
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