Computational Regulatory Genomics

Publications (2017)

McEnhancer: predicting gene expression via semi-supervised assignment of enhancers to target genes

Dina Hafez Aslihan Karabacak,  S. Krueger,  Y. Hwang,  L. Wang,  R. Zinzen,  Uwe Ohler 
Genome Biol. 2017;  

RNA localization is a key determinant of neurite-enriched proteome

A. Zappulo,  D. Bruck,  C. Ciolli,  V. Franke,  K. Imami,  E. McShane,  M. Moreno-Estelles,  Lorenzo Calviello,  A. Filipchyk,  E. Peguero-Sanchez,  T. Muller,  A. Woehler,  C. Birchmeier,  E. Merino,  N. Rajewsky,  Uwe Ohler,  E. Mazzoni,  M. Selbach,  Altuna Akalin,  M. Chekulaeva 
Nat Commun 2017;  

Beyond Read-Counts: Ribo-seq Data Analysis to Understand the Functions of the Transcriptome

Lorenzo Calviello Uwe Ohler 
Trends Genet. 2017;  

ssHMM: extracting intuitive sequence-structure motifs from high-throughput RNA-binding protein data

D. Heller,  R. Krestel,  Uwe Ohler,  M. Vingron,  A. Marsico 
Nucleic Acids Res. 2017;   DOI   PubMed  

DDX54 regulates transcriptome dynamics during DNA damage response

M. Milek,  K. Imami,  Neelanjan Mukherjee,  F. Bortoli,  U. Zinnall,  O. Hazapis,  C. Trahan,  M. Oeffinger,  F. Heyd,  Uwe Ohler,  M. Selbach,  M. Landthaler 
Genome Res. 2017;   DOI   PubMed  

RNA-bioinformatics: Tools, services and databases for the analysis of RNA-based regulation

R. Backofen,  J. Engelhardt,  A. Erxleben,  J. Fallmann,  B. Gruning,  Uwe Ohler,  N. Rajewsky,  P. Stadler 
J. Biotechnol. 2017;   DOI   PubMed  

RCAS: an RNA centric annotation system for transcriptome-wide regions of interest

B. Uyar,  D. Yusuf,  R. Wurmus,  N. Rajewsky,  Uwe Ohler Altuna Akalin 
Nucleic Acids Res. 2017;   DOI   PubMed  

The RNA workbench: best practices for RNA and high-throughput sequencing bioinformatics in Galaxy

B. Gruning,  J. Fallmann,  D. Yusuf,  S. Will,  A. Erxleben,  F. Eggenhofer,  T. Houwaart,  B. Batut,  P. Videm,  A. Bagnacani,  M. Wolfien,  S. Lott,  Y. Hoogstrate,  W. Hess,  O. Wolkenhauer,  S. Hoffmann,  Altuna Akalin Uwe Ohler,  P. Stadler,  R. Backofen 
Nucleic Acids Res. 2017;   DOI   PubMed  

A Multi-step Transcriptional and Chromatin State Cascade Underlies Motor Neuron Programming from Embryonic Stem Cells

Silvia Velasco,  Mahmoud Ibrahim,  Akshay Kakumanu,  Gorkem Garipler,  Begum Aydin,  Mohamed Al-Sayegh,  Antje Hirsekorn,  Farah Abdul-Rahman,  Rahul Satija,  Uwe Ohler,  Shaun Mahony,  Esteban Mazzoni 
Cell Stem Cell 2017;   DOI   PubMed  

Genome-wide identification of regulatory elements in Sertoli cells

D. Maatouk,  A. Natarajan,  Y. Shibata,  L. Song,  G. Crawford,  Uwe Ohler,  B. Capel 
Development 2017;   DOI   PubMed  

JACUSA: site-specific identification of RNA editing events from replicate sequencing data

M. Piechotta,  E. Wyler,  Uwe Ohler,  M. Landthaler,  C. Dieterich 
BMC Bioinformatics 2017;   DOI   PubMed  
This site is covered by the MDC Data Privacy policy

aa: